DERSLER

BİYOİNFORMATİK DERSLERİ
BIN 501/CENG465 Biyoinformatiğe Giriş Bu ders biyoinformatiğe giriş niteliğindedir. Genom dizileme, mikroarray teknolojisi gibi büyük-ölçekli deneysel yöntemlerden bilgi çıkarabilmek için kullanılan hesaplamalı yöntemler tanıtılacaktır. Dersin temel vurgusu, alana genel bir bakış sunabilmek ve biyoinformatiğin DNA ve protein dizi hizalama, yapısal protein hizalama, protein/RNA yapısı tahmini, filogenetik ağaç oluşturma, mikroarray veri analizi ve gen/protein ağlarının analizi gibi temel sorunlarına getirilebilecek çözümleri tanımlamak üzerinedir.	TEMEL
BIN 503 Biyolojik Veritabanları ve Veri Analiz Araçları Bu derste, herkese açık yazılım araçları ile biyolojik veritabanlarının geniş kapsamlı bir derlemesi sunulmaktadır. Farklı biyolojik veri türleri tanıtılacak ve biyolojik verinin düzenlenmesi için kullanılan teknikler tartışılacaktır. Ayrıca, biyolojik verinin araştırılması ve analizine yönelik web tabanlı biyoinformatik platformlarının kullanımı kapsamlı olarak işlenecektir.	TEMEL
BIN 504 Biyoinformatikte Olasılıksal ve İstatistiksel Modelleme Bu ders, biyolojik sorunlara uygulanan istatistiksel modelleme ve çıkarsama tekniklerini tanıtacaktır. Derste, çoklu regresyon, temel bileşen analizi (PCA) gibi standart istatistiksel yöntemler ile, maksimum olabilirlik yöntemleri gibi daha yeni teknikler işlenecektir. İşlenen teknikler arasında Metropolis-Hastings algoritması ve Gibbs örneklemesi kullanan Monte-Carlo-Markov zincirleri olacaktır. Ayrıca, dizi ve yapı ailelerinin modellenmesine yönelik Gizil Markov Modelleri gibi istatistiksel teknikler ile hesaplamalı biyolojiye yönelik Kernel yöntemleri ve Destek Vektör Makineleri (SVM) teknikleri ders kapsamında işlenecektir.	TEMEL
BIN 590 Biyoinformatik Lisansüstü Seminerleri Lisansüstü seminerleri, öğrencilere ileri düzey makaleleri sunma fırsatı sağlayacaktır. Öğrenciler önde gelen biyoinformatik konferanslarından ve üst düzey dergilerden makaleler okuyarak sunacaklardır. Bu ders yakın zamanda gerçekleşen büyük gelişmeleri tartışmak ve yeni fikirler için beyin fırtınası yapmak için bir ortam oluşturacaktır. Biyoinformatik Lisansüstü Programına kayıtlı her öğrenci için en az iki dönem bu derse kayıtlı olmak zorunludur.	ZORUNLU
BIN 599 Yüksek Lisans Tezi	ZORUNLU
BIN 589 Dönem Projesi	Tezsiz YL için Zorunlu
BIN 505 Sistem Biyolojisinin Temelleri Sistem Biyolojisi biyolojik olguları ayrı parçalara indirgemek yerine etkileşimlerin ve genel sistem davranışının modellenmesi yoluyla çalışmayı hedefler. Bu derste, sistem biyolojisi ve biyolojik ağ analizinin katkıları, temel fikirler ve araçlar işlenecektir. İşlenecek konular arasında, biyolojik ağların dinamiği, yaygın motifler, ağ analizi, modelleme ve görüntüleme yöntemleri ile transkripsiyon, protein etkileşim, metabolik ve birlikte-ifade (co-expression) ağları bulunmaktadır. Ders yükü, çeşitli vaka çalışmalarının tartışmalarını, bir dönem projesini, ödevler ve sınavları kapsamaktadır.	Teknik Seçmeli
BIN 506 Protein ve DNA Dizi Analizi Bu derste, homoloji analizi, motif ve alt-birimlerin(domain) belirlenmesi, çift ve çoklu hizalamalar, dizi hizalamalarının istatistiksel anlamlılığı gibi DNA ve protein analiz yöntemleri kapsamlı olarak işlenecektir. GenBank, SwissProt, ProSite ve Pfam gibi dizi ve motif veritabanları da ders kapsamındadır.	Teknik Seçmeli	Ders Çizelgesi
BIN 711 Moleküler Biyolojide Biyoinformatik Uygulamaları Sık kullanılan biyoinformatik araçlarını biyoinformatikçi olmayanlara tanıtmayı amaçlayan bu derste biyoinformatiğin temel kavramları tartışılacaktır. Biyolojik bilimlerde yaşanan son gelişmeler biyolojik dizi ve biyolojik makromoleküllerin 3-boyutlu yapılarını içeren deneysel veri bolluğuna yol açmıştır. Bilgisayar ve bilişim bilimlerindeki gelişmelerle bu verilere ve verileri analiz etmek için gerekli araçlara açık kaynaklardan ulaşılabilmektedir. Dersin odak noktası, öğrencilerin hızla büyüyen biyolojik bilgiye ulaşmayı ve bu bilgiyi işleyerek yorumlamayı temel düzeyde öğrenmelerini sağlamak üzerinedir. Dersin pratik kısmında bilgisayar ve biyoinformatik uygulamalarının biyolojik araştırmalarda kullanımı üzerinde durulacaktır.	Teknik Seçmeli
BIN 712 Biyoinformatikte Hesaplamalı Yöntemler Teknolojide, moleküler biyolojide ve büyük-ölçekli biyolojik deneylerde yaşanan son gelişmeler büyük ölçekte verinin birikmesine neden olmuştur. Bu veriler farklı platformlardan ve farklı çalışma gruplarından gelmektedir. Bu yüzden, verilerin derlenmesine ve kapsamlı analizine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu dersin odak noktası, verilerin analizi, sınıflandırılması ve depolanmasında kullanılan algoritmaların, veri madenciliği yöntemlerinin, veritabanı yönetim sistemlerinin temel kavramlarının bilgisayar bilimci yaklaşımıyla anlaşılması üzerinedir. Temel biyoinformatik algoritmalarıyla ilgili programlama ödevleri ve sunumlar biyolojik araştırmaları desteklemek üzere biyoinformatik uygulamalarının anlaşılması ve uygulanması ağırlıklı olacaktır. Bunların haricinde, veri analizinde kullanılan hesaplamalı kavramların anlaşılması bilgisayar bilimcilerle işbirliği gerektiren sonraki çalışmalarda faydalı olacaktır.	Teknik Seçmeli
BIN 714 Mikroarray Veri Analizi ve Bilişimi Genomik ve Proteomik araştırmalarındaki sayısız uygulamalarıyla mikroarrayler, günümüzün belli başlı yerleşik teknolojilerinden biri haline gelmişlerdir. Bu dersin temel amacı, transkriptomik, proteomik veya genotiplemeye yönelik mikroarray verilerini analiz edebilmek ve işleyebilmek için katılımcıları ileri biyoinformatik, istatistiksel metodolojiler ve yazılım araçlarıyla tanıştırmaktır. Bu ders, araştırmalarında mikroarray analizi uygulamayı planlayan yüksek lisans ve doktora düzeyinde öğrenciler ile doktora sonrası araştırmacılara yöneliktir. Ders, üç ana başlık altında sunulacaktır: 1) Mikroarray Teknolojisinin Temelleri 2) Mikroarray İşlem Analitiği 3)Mikroarray Bilişimi. Derslerde en son yazılım paketleri tanıtılacaktır.	Teknik Seçmeli

BİYOİNFORMATİK DERSLERİ

BIN 501/CENG465 Biyoinformatiğe Giriş

Bu ders biyoinformatiğe giriş niteliğindedir. Genom dizileme, mikroarray teknolojisi gibi büyük-ölçekli deneysel yöntemlerden bilgi çıkarabilmek için kullanılan hesaplamalı yöntemler tanıtılacaktır. Dersin temel vurgusu, alana genel bir bakış sunabilmek ve biyoinformatiğin DNA ve protein dizi hizalama, yapısal protein hizalama, protein/RNA yapısı tahmini, filogenetik ağaç oluşturma, mikroarray veri analizi ve gen/protein ağlarının analizi gibi temel sorunlarına getirilebilecek çözümleri tanımlamak üzerinedir.

TEMEL

BIN 503 Biyolojik Veritabanları ve Veri Analiz Araçları

Bu derste, herkese açık yazılım araçları ile biyolojik veritabanlarının geniş kapsamlı bir derlemesi sunulmaktadır. Farklı biyolojik veri türleri tanıtılacak ve biyolojik verinin düzenlenmesi için kullanılan teknikler tartışılacaktır. Ayrıca, biyolojik verinin araştırılması ve analizine yönelik web tabanlı biyoinformatik platformlarının kullanımı kapsamlı olarak işlenecektir.

TEMEL

BIN 504 Biyoinformatikte Olasılıksal ve İstatistiksel Modelleme

Bu ders, biyolojik sorunlara uygulanan istatistiksel modelleme ve çıkarsama tekniklerini tanıtacaktır. Derste, çoklu regresyon, temel bileşen analizi (PCA) gibi standart istatistiksel yöntemler ile, maksimum olabilirlik yöntemleri gibi daha yeni teknikler işlenecektir. İşlenen teknikler arasında Metropolis-Hastings algoritması ve Gibbs örneklemesi kullanan Monte-Carlo-Markov zincirleri olacaktır. Ayrıca, dizi ve yapı ailelerinin modellenmesine yönelik Gizil Markov Modelleri gibi istatistiksel teknikler ile hesaplamalı biyolojiye yönelik Kernel yöntemleri ve Destek Vektör Makineleri (SVM) teknikleri ders kapsamında işlenecektir.

TEMEL

BIN 590 Biyoinformatik Lisansüstü Seminerleri

Lisansüstü seminerleri, öğrencilere ileri düzey makaleleri sunma fırsatı sağlayacaktır. Öğrenciler önde gelen biyoinformatik konferanslarından ve üst düzey dergilerden makaleler okuyarak sunacaklardır. Bu ders yakın zamanda gerçekleşen büyük gelişmeleri tartışmak ve yeni fikirler için beyin fırtınası yapmak için bir ortam oluşturacaktır. Biyoinformatik Lisansüstü Programına kayıtlı her öğrenci için en az iki dönem bu derse kayıtlı olmak zorunludur.

ZORUNLU

BIN 599 Yüksek Lisans Tezi

ZORUNLU

BIN 589 Dönem Projesi

Tezsiz YL için Zorunlu

BIN 505 Sistem Biyolojisinin Temelleri

Sistem Biyolojisi biyolojik olguları ayrı parçalara indirgemek yerine etkileşimlerin ve genel sistem davranışının modellenmesi yoluyla çalışmayı hedefler. Bu derste, sistem biyolojisi ve biyolojik ağ analizinin katkıları, temel fikirler ve araçlar işlenecektir. İşlenecek konular arasında, biyolojik ağların dinamiği, yaygın motifler, ağ analizi, modelleme ve görüntüleme yöntemleri ile transkripsiyon, protein etkileşim, metabolik ve birlikte-ifade (co-expression) ağları bulunmaktadır. Ders yükü, çeşitli vaka çalışmalarının tartışmalarını, bir dönem projesini, ödevler ve sınavları kapsamaktadır.

Teknik Seçmeli

BIN 506 Protein ve DNA Dizi Analizi

Bu derste, homoloji analizi, motif ve alt-birimlerin(domain) belirlenmesi, çift ve çoklu hizalamalar, dizi hizalamalarının istatistiksel anlamlılığı gibi DNA ve protein analiz yöntemleri kapsamlı olarak işlenecektir. GenBank, SwissProt, ProSite ve Pfam gibi dizi ve motif veritabanları da ders kapsamındadır.

Teknik Seçmeli

Ders

Çizelgesi

BIN 711 Moleküler Biyolojide Biyoinformatik Uygulamaları

Sık kullanılan biyoinformatik araçlarını biyoinformatikçi olmayanlara tanıtmayı amaçlayan bu derste biyoinformatiğin temel kavramları tartışılacaktır. Biyolojik bilimlerde yaşanan son gelişmeler biyolojik dizi ve biyolojik makromoleküllerin 3-boyutlu yapılarını içeren deneysel veri bolluğuna yol açmıştır. Bilgisayar ve bilişim bilimlerindeki gelişmelerle bu verilere ve verileri analiz etmek için gerekli araçlara açık kaynaklardan ulaşılabilmektedir. Dersin odak noktası, öğrencilerin hızla büyüyen biyolojik bilgiye ulaşmayı ve bu bilgiyi işleyerek yorumlamayı temel düzeyde öğrenmelerini sağlamak üzerinedir. Dersin pratik kısmında bilgisayar ve biyoinformatik uygulamalarının biyolojik araştırmalarda kullanımı üzerinde durulacaktır.

Teknik Seçmeli

BIN 712 Biyoinformatikte Hesaplamalı Yöntemler

Teknolojide, moleküler biyolojide ve büyük-ölçekli biyolojik deneylerde yaşanan son gelişmeler büyük ölçekte verinin birikmesine neden olmuştur. Bu veriler farklı platformlardan ve farklı çalışma gruplarından gelmektedir. Bu yüzden, verilerin derlenmesine ve kapsamlı analizine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu dersin odak noktası, verilerin analizi, sınıflandırılması ve depolanmasında kullanılan algoritmaların, veri madenciliği yöntemlerinin, veritabanı yönetim sistemlerinin temel kavramlarının bilgisayar bilimci yaklaşımıyla anlaşılması üzerinedir. Temel biyoinformatik algoritmalarıyla ilgili programlama ödevleri ve sunumlar biyolojik araştırmaları desteklemek üzere biyoinformatik uygulamalarının anlaşılması ve uygulanması ağırlıklı olacaktır. Bunların haricinde, veri analizinde kullanılan hesaplamalı kavramların anlaşılması bilgisayar bilimcilerle işbirliği gerektiren sonraki çalışmalarda faydalı olacaktır.

Teknik Seçmeli

BIN 714 Mikroarray Veri Analizi ve Bilişimi

Genomik ve Proteomik araştırmalarındaki sayısız uygulamalarıyla mikroarrayler, günümüzün belli başlı yerleşik teknolojilerinden biri haline gelmişlerdir. Bu dersin temel amacı, transkriptomik, proteomik veya genotiplemeye yönelik mikroarray verilerini analiz edebilmek ve işleyebilmek için katılımcıları ileri biyoinformatik, istatistiksel metodolojiler ve yazılım araçlarıyla tanıştırmaktır. Bu ders, araştırmalarında mikroarray analizi uygulamayı planlayan yüksek lisans ve doktora düzeyinde öğrenciler ile doktora sonrası araştırmacılara yöneliktir. Ders, üç ana başlık altında sunulacaktır: 1) Mikroarray Teknolojisinin Temelleri 2) Mikroarray İşlem Analitiği 3)Mikroarray Bilişimi. Derslerde en son yazılım paketleri tanıtılacaktır.

Teknik Seçmeli